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法人股东变更股权转让应该交税，而且应该按照财产转让所得的部分来缴纳个人所得税，同时还会按照转让财产的收入来减出合理的费用之后的余额来计算纳税。根据国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告，转让股权所得属于“财产转让所得”应税项目，应按照20%的税率计征个人所得税。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
公司转让房产需要交纳营业税及附加（城建税教育费附加等）、土地增值税、印花税、企业所得税。营业税按照卖出和购进的差额5%缴纳；土地增值税按照增值部分（卖出价格减去购入价格、已缴税金、加计扣除后的差额部分）的30%-60%缴纳；印花税按照合同金额0.05%缴纳；企业所得税在年底和企业的其他收入统计计算，如果公司盈利，按照公司的适用税率（一般为25%）缴纳。
转让公司所得属于个人所得税应纳税所得额，应当按照财产转让所得项目的适用规定计算缴纳个人所得税，适用税率为20％。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，国家税务总局最近发布了《国家税务总局关于终止个人投资经营收回个人所得税问题的公告》；个人所得税问题的终止。公告指出，个人因各种原因终止投资、合资、经营合作，从被投资企业或合作项目、其他投资者和合作项目取得股权转让收入；违约金、补偿金、补偿金和其他名称收回的款项为个人所得税应纳税所得额，按照财产转让所得项目的适用规定缴纳个人所得税，适用税率为20％。应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名义收回的总额－原实际出资额（投资额）及相关税费。
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