一、争占宅基地以外的集体空闲地引发的纠纷 人民法院应当告知到当地人民政府申请解决，不服政府处理决定的则可向法院起诉，法院应以行政案件受理、土地为村集体经济组织所有的也可以直接向人民法院起诉，可要求占地者退出土地，排除妨碍，法院则应以民事案件受理，对当事人因争占空闲土地引发的财产损害赔偿案件，人民法院应根据具体案情处理。 二、建房户私下调换宅基地引发的纠纷 村民私下调换宅基地引发纠纷的，人民法院在审理此类案件时要指出双方行为的违法性，同时可以建议土地管理部门依法吊销建房手续，收回宅基地，如果一方或双方已盖好房屋，为避免造成不必要的损失，可以在征得土地管理部门同意后，责令双方变更宅基地登记 三、用地建房影响相邻关系人利益引发的纠纷 不适当使用宅基而影响邻里关系的，人民法院应本着依法、合理的精神妥善予以处理，确实给邻人造成损害的，应责令排除妨碍、消除危险、回复原状或赔偿损失。 四、未经共同使用人同意，部分公用人擅自使用共用的宅基地而引发的纠纷 对一宗宅基地可由两个以上村民共同使用，具有共同使用权，共有土地使用面积可以在共有人之间分摊。 对于共同使用的宅基地在未经共有人同意，部分共有人擅自使用引发纠纷的，处理时应先征求土地管理部门的意见，如主管部门批准双方共同使用宅基地的，可以判决明确各自的房屋产权。
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农村土地使用证变更登记的做法是： 1.申请人持规定提交的资料到房屋所在区房管局提出申请； 2.市房屋产权登记中心复审、核准后签发房屋权属证书； 3.申请人或经办人持本人身份证到房屋所在区房管局交纳相关费用后，领取房屋权属证书。
农村土地使用权变更登记也是到县级以上人民政府的土地行政主管部门办理的，就是原来的集体土地使用证在哪里办理的，变更登记也是归该部门所管辖的。
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