合同签定之后，软科学研究管理部门应按照项目承担单位提供的户头、帐号和开户银行等办理拨款，并采取分期拨款的办法，其经费的拨付，原则上规定如下：（一）经费不足一万元的项目，可一次性拨付；（二）经费在13万元的项目，可先拨付70％；（三）经费超过3万元的项目，可先拨付50％；（四）项目承担单位应在项目进度中期，向软科学研究管理部门和项目归口管理单位提交《软科学研究计划项目执行情况报表》和项目阶段研究报告，经审查合格后，再予办理续拨款手续。（五）由有关部门或项目承担单位匹配投资的项目，待匹配投资已落实或下达后，软科学研究计划批准的经费，如数额不大，可一次拨付。
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开发商不按合同支付工程款的，可以采用协商、调解、仲裁或者诉讼的方式去解决。双方可以先协商处理，如果协商不成，可向工程所在地的人民法院起诉。需要注意的是，目前一般的诉讼时效是三年，如果没有在诉讼时效内起诉，超出诉讼时效则可能会失去胜诉权。
工程预付款的支付流程： 1、分段结算，对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算； 2、竣工后一次结算，规模较小的项目，竣工后一次结算的方式； 3、按月结算，即每个月结算一次； 4、双方约定的其他的结算方式。
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