对于男女双方非法同居期间所生子女由哪一方抚养的问题，最好由双方协商解决。在无法协商或者协商不成的情况下，可以到法院起诉，同时可以参考《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》如下规定确定： 1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活： （1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的； （2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的； （3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。
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婚生子女和非婚生子女享有同等权利。抚养权应该判给哪一方，要由法官根据双方的情况，以有利于未成年子女权益为原则进行判决。父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。 父母对于子女有抚养、教育、保护的权利和义务。 不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
未婚生的子女，属于非婚生子女，但享有与婚生子女同等的权利。未婚生的子女抚养问题，在双方解除同居关系时，由双方协商；协商不成的，由人民法院按照最有利于未成年子女的原则判决。
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