一是设立手续不同，在外地创办独立核算子公司，需要办理许多手续，设立程序复杂，开办费用也较大，而设立分公司的程序比较简单，费用开支比较少; 二是核算和纳税形式不同，子公司是独立核算并独立申报纳税，当地税务机关比较喜欢，而分公司不是独立法人，由总公司进行核算盈亏和统一纳税，如有盈亏，分公司和总公司可以相互抵扣后才交纳所得税。 三是税收优惠不同，子公司承担全面纳税义务，分公司只承担有限纳税义务。子公司是独立法人可以享受免税期限、优惠政策等在内的各种优惠政策;而分公司作为非独立法人，则不能享受这些优惠政策。 设立子公司应符合《公司法》和《条例》规定的条件和程序。只有国家授权投资的公司可投资设立全资子公司(即国有独资的子)其他公司只能设立有限责任公司或股份有限公司形式的控股子公司。
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子公司与分公司的区别是： (1)主体资格不同。子公司是独立的法人，拥有自己独立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己独立承担。 分公司则不具备企业法人资格，没有独立的名称，其名称应冠以所隶属公司的名称，由隶属公司依法设立，只是公司的一个分支机构。 (2)意志关系不同。母公司对子公司的控制必须符合一定的法律条件。母公司对子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用间接控制方式； 即通过任免子公司董事会成员和投资决策来影响子公司的生产经营决策。而分公司其人事、业务、财产受隶属公司直接控制，在隶属公司的经营范围内从事经营活动。 (3)承担债务的责任方式不同。母公司作为子公司的最大股东，仅以其对子公司的出资额为限对子公司在经营活动中的债务承担责任；子公司作为独立的法人，以子公司自身的全部财产为限对其经营负债承担责任。 分公司由于没有自己独立的财产，与隶属公司在经济上统一核算，因此其经营活动中的负债由隶属公司负责清偿，即由隶属公司以其全部资产为限对分公司在经营中的债务承担责任。
总公司管理分公司，对所属分公司在生产经营、资金调度、人事管理等方面行使指挥、管理、监督的权利，具有法人资格，可以独立承担民事责任。分公司是与总公司相对应的法律概念，是指在业务、资金、人事等方面受总公司管理，不具有法人资格的分支机构。分公司在法律、经济上没有独立性，属于总公司的附属机构。 子公司和总公司一样，都是独立的法人，可以作为法人进行相应的各类活动，子公司若有责任在子公司的责任范围内负责。
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