有仲裁协议，一方提起诉讼，法院立案后，另一方提出有仲裁协议的管辖权异议,可以提出管辖权异议，一般有管辖权的仲裁都是劳动合同的履行地，也有的是企业营业执照的注册地，法律上规定这两个地区的仲裁都有权利受理案件。根据《劳动争议调解仲裁法》第17条的规定：“劳动争议仲裁委员会按照统筹规划、合理布局和适应实际需要的原则设立。省、自治区人民政府可以决定在市、县设立；直辖市人民政府可以决定在区、县设立。直辖市、设区的市也可以设立一个或者若干个劳动争议仲裁委员会。劳动争议仲裁委员会不按行政区划层层设立。”因此，劳动争议仲裁委员会相互之间是独立的，没有隶属关系，不存在上级仲裁委员会可以变更或者撤销下级仲裁委员会做出的仲裁裁决的问题。因此，劳动争议仲裁不实行级别管辖。在出现管辖权争议时，《劳动争议调解仲裁法》第21条第1款规定：“劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。”该条明确规定由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖，避免了由上级主管部门指定管辖的情形。由此可见，我国现行的劳动争议仲裁管辖实行的是地域管辖，不实行级别管辖和指定管辖。地域管辖又称地区管辖，是指以行政区域作为确定劳动仲裁管辖范围的标准，是同级仲裁委员会之间对于审理劳动争议案件的职权划分。地域管辖又分为三种：一般地域管辖、特殊地域管辖、专属管辖。根据劳动仲裁法第21条：“劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。”也就是说，单位不可以随便以单位在某地，而劳动者在另外一个地方工作为名，提出“管辖权异议”要求把案件退还给单位所在地的仲裁部门。当有的劳动者没签订合同的时候，按事实劳动关系发生地为管辖地来申请仲裁。对于劳动者来说，或许可以钻这个空子，当一个单位不正规的时候，没有合同，而这个劳动者的工作性质又是要经常在外地跑的，比如业务员、工程师等等，那么劳动者就可以随便找一个地方申请劳动仲裁！这个时候单位想提出管辖权异议必须要举证劳动者应当而且实际上是在单位所在地工作的，但是因为单位没劳动合同，或者单位无法举出劳动者在单位所在地工作的证明，那么就以劳动者的主张为准。也就是说，这条实际上限制了单位，不可以随便以单位所在地为由提出“管辖权异议”了。
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劳动争议仲裁提出管辖权异议的，得到裁定的，对裁定结果不满，并不可以上诉，只是可以向基层人民法院提请撤销裁定。因为劳动争议仲裁委员会没有上一级仲裁委员会，所以没有上诉机关。
劳动仲裁管辖权异议只有在一种情况下才能上诉。当事人未在答辩期满前提出管辖权异议的，不影响仲裁程序的进行，当事人因此对仲裁裁决不服的，可以依法向人民法院起诉或者申请撤销。
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