1、双方共同申请医疗事故鉴定。患者及其家属与医疗机构通过协商，共同委托医学会进行医疗事故鉴定的，则双方当事人可以共同到当地的卫生行政部门办理医疗事故鉴定的手续。到达医学会后，需要填写相关的表格、证明相互身份的证件等等。如果其中一方当事人不愿意，或者不能够一起到达现场办理手续的，可以提交表明愿意通过医疗事故鉴定、与对方协商一致的书面材料。这是双方当事人共同申请医疗事故鉴定的情况。2、单方面申请医疗事故鉴定。如果发生医疗事故纠纷后，患者及其家属不愿意与医疗机构协商、或者医疗机构不同意做医疗事故鉴定的，患者及其家属单方面申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。书面申请是对患者及其家属单方申请的要求，而且对于书面申请的内容也做了相关的规定，不再是简单的表格和意思表示，具体为对鉴定事实的叙述和鉴定结果的请求、理由等等。
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医疗事故鉴定申请的程序为： (一)由申请者向当地医疗事故技术签定委员会递交书面申请，申请书应写明事情发生的经过及时间、地点，提出申请鉴定的理由。 (二)提出申请鉴定方应向医疗事故技术鉴定委员会交医疗事故技术鉴定费。 (三)医疗事故技术鉴定听证、取证。 (四)召开医疗事故技术鉴定会议。医疗事故鉴定委员会成员由同级人民政府批准，由相关专业技术专家及法医组成。 (五)从医疗事故技术鉴定委员会受理申请日起30日内，受理机构将鉴定意见书送达当事双方，对当地医疗事故技术鉴定委员会所作的结论不服的，可在接到鉴定意见书之日起十五日内，向上一级医疗事故技术鉴定委员会申请复议，省医疗事故技术鉴定委员会的鉴定为最终鉴定。
当事人可以在医学会处申请进行医疗事故鉴定。根据医疗事故处理条例的规定，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。
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