1、法人治理结构尚未完全建立。董事会不清楚该干什么;监事会形同虚设，监督权落空;董事长和总经理分设后责任不明确;董事会运行机制不健全，只对董事长负责，而不是共同对股东大会负责;董事会成员和经理班子高度重叠，决策和执行责权不分;董事会成员全部由内部人员构成，不利于科学决策。这些问题中，董事会功能不到位是根本所在，董事会的战略决策功能和高层经理选聘、评估、激励功能发挥不到位，必然导致要么被架空，要么过多干预日常管理与执行事务。归根结底，企业沿袭了由“家长”说了算的习惯做法，还没有过渡到科学的治理结构上来。 2、股权设置不够科学。股份制公司对我们很多的国有企业来讲还是一个从未经历过的事物，在许多方面都存在着不规范的现象。一个普遍的问题就是产权关系没有落到实处，股东与职工的概念混淆。有的改制企业职工出资入股后成为股东，就认为，既然成了股东，当然要成为企业职工，厂里无权进行正常分流，因此难以在企业内部形成竞争和激励机制，企业改制后要在内部实行的许多方面的改革困难重重;有的企业存在“股份制大锅饭”，就是企业股权过于平均。企业中的员工和高级管理层、董事会、监事会成员持股数量相差很小，实际上是“大锅饭”的另一种吃法对企业健康发展和有序运行都没有好处。
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现代企业制度的法人治理结构的出现源于公司制度中的资产所有权和控制权相分离所产生的委托代理关系问题。公司法人治理结构形成的原因是公司内部治理是指通过法人治理实施的治理活动，法人治理的核心内容是公司内部治理机构设置及其权力分布。根据我国相关法律规定，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。
国企改革前，原国有企业的国家所有的性质改制后变成了混合所有制企业，其股东由国资管理部门和其他非国有股东组成，一般为国有控股企业，其性质已不再是纯国有企业，也不是纯私有制企业。改制后，其主人是股东大会，股东大会行使最高权力。股东以持有股权数进行投票决定公司的重大事务。
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