向人民法院提起诉讼之后，在举证阶段向人民法院提出鉴定申请，经法院同意之后，与肇事方协商选择鉴定机构，协商不成的有人民法院指定鉴定机构。 最高人民法院 《关于民事诉讼证据的若干规定》 法释（2001）33号 第二十五条当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。符合本规定第二十七条规定的情形，当事人申请重新鉴定的除外。 对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。 第二十六条当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。
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选择交通事故伤残鉴定机构要考虑下列因素： 一、要选择有鉴定资质的鉴定机构，即，鉴定机构作出的鉴定结论能被法院认可。 二、在有资质的鉴定机构中选择对我们有利的鉴定机构。 综上，选择好伤残鉴定机构后进行伤残鉴定，鉴定结果出来后就可以以此为依据向侵害人索赔了。 伤、残鉴定是指伤后伤残程度鉴定。伤、残鉴定的范围包括交通事故伤残、工伤事故伤残、意外伤害伤残、打架斗殴伤残。一般由司法部门根据医院提供的相关入院记录或委托伤残鉴定机构做相应的残疾鉴定。
诉讼程序中司法鉴定机构的选择如下：自行鉴定没有争议的情况下，可以作为医疗纠纷处理的依据，行政鉴定是行政机关处理医疗纠纷的依据， 如果没有争议，经法院审查合法，也可以作为诉讼案件定案依据。 司法鉴定除具有一般鉴定的属性外还具有司法权威性，在对鉴定结论存在争议的情况下，司法鉴定作为司法活动往往行使最终决定权； 司法鉴定通常还作为法官认证的工具，实践中通常以司法鉴定结论作为裁判的依据。
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