申请鉴定的费用一般由申请人先行垫付，待案子终结后根据《诉讼费交纳办法》第12条规定诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位。由此可见鉴定费、评估费等费用应当由负有举证义务的一方承担而不是应当由被告承担。也就是说谁对待证明事实负有证明义务，谁就承担有关鉴定费、评估费。《诉讼费交纳办法》第6条鉴定人、在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴属于诉讼费用的一种，这项费用应当由被诉方承担。但是在人身损害等案件中由于当事人可以在伤残鉴定确定后变更诉讼请求，在变更诉讼请求时可以把鉴定费变更到新的诉讼请求中去，而有关伤残鉴定等事项的鉴定费用又属于由于人身损害导致的间接损失，往往这样的鉴定费得到了法院的支持，但是需要注意这样的鉴定费是支持在诉讼请求之中的，而不是在处理诉讼费时进行的分配。在诉讼请求中列明，由法院判决
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因工负伤、患丧失劳动能力程度鉴定费用，由用人单位支付。因病、非因工负伤丧失劳动能力程度鉴定费用，由被鉴定人所在单位申请的，鉴定费用由被鉴定人所在单位支付；由被鉴定人申请的，鉴定费用由被鉴定人在申请时预付。
我国的工伤保险条例规定，按实际情况决定由谁承担工伤鉴定费用： 1、单位会支付因工负伤、丧失劳动能力的鉴定费用； 2、被鉴定人所在的单位会支付因病、非因工负伤丧失劳动能力程度鉴定费用。被鉴定人申请工伤鉴定的，需要在申请时预付鉴定费用。鉴定后发现部分丧失劳动能力及以上的，被鉴定人的单位会负担鉴定费。
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