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有限公司转让股权收入应当缴纳个人所得税。转让股权收入属于财产转让所得，适用比例税率，税率为百分之二十。以股权转让收入减除取得股权所支付的金额和转让过程中所支付的相关合理费用后的余额，为应纳税所得额。
企业所得税： （一）转让财产收入：指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。”因此企业转让股权取得的收入应作为企业的收入总额计算应纳税所得额。同时《企业所得税法》第十六条规定：“企业转让资产，该项资产的净值，准予在计算应纳税所得额时扣除。”其中净值，是指有关资产、财产的计税基础减除已经按照规定扣除的折旧、折耗、摊销、准备金等后的余额。 （二）非居民企业股权转让所得 1、非居民企业转让居民企业股权的内涵及适用税率 2、股权转让所得的计算：股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。 3、股权转让所得税的缴纳：按照企业所得税法规定，对非居民企业在我国境内取得股权转让所得应缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以依照有关法规规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴，并于代扣之日起7日内向主管税务机关报送扣缴企业所得税报告表。将税款缴入国库。
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