参加合作医疗的农民，无论门诊诊或住院，实际发生的医疗费用，只要符合合作医疗相关规定，均可获得一定比例的补偿。n1、门诊补偿。参合农民在定点医疗机构门诊就医，其医药费用，可按县市制定的门诊补偿办法及补偿程序，获得补偿，但在非定点医疗机构就医的不予补偿。2、住院补偿。参合农民因病需住院治疗，必须在合作医疗定点医疗机构住院，其补偿方式及补偿比例，需按县市制定的实施细则(方案)要求进行补偿。n(1)参合农民在定点医疗机构住院治疗所发生的医疗费用，首先扣除起付标准规定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊检查费后，按比例补偿。起付标准，按不同级别的医疗机构确定。越是基层医疗机构，起付标准越低．越是上级医疗机构，起付标准越高。n确定起付标准，是按一级医院(乡镇卫生院)、二级医院(县市级医院及部分州级医院)、三级医院和省级及以上医院四个等级划分的。(2)参合农民在定点医疗机构住院发生医疗费用，减去起付标准的金额。再减去应当自付的部分金额，就是计算补偿的范围。以此为基数。按补偿比例计算出应当补偿参合人的具体数额。具体补偿比例，也是按照一级医院、二级医院、三级医院和省级及以上医院级别确定的。具体比例分别为60％、50％、30％、20％。个别县市在制定方案时，适当提高了基层定点医疗机构的补偿比例，属正常情况
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农村新农合报销比例由具体的实际情况来决定。门诊报销比例：村卫生室、村中心门诊60%，乡镇卫生院40%，二级医院30%，三级医院20%。住院报销比例大约为：乡镇卫生院60%，二级医院40%，三级医院30%。大病补偿的比例大约为：对参加合作医疗的住院病人，一次性申报，或年度累计申报医疗费用超过5000元的，要根据具体的情况来进行分期补偿。
农村合作医疗报销比例：门诊报销比例分别为，乡镇卫生院报销比例40%，二级医院30%，三级医院20%。其中，每次就诊的检查和手术费用控制在50元以内，处方药费用控制在100元以内，附有发票的处方限定在1元以内，乡镇级合作医疗门诊年补偿限额为5000元。住院报销比例分别为，乡镇卫生院住院报销比例为60%，二级医院为40%，三级医院为30%。
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