商业秘密权利人和合法的被许可人都具有原告资格。其中，权利人和独占使用许可合同的被许可人具有独立的起诉权；排他使用许可合同的被许可人可以和权利人共同提起诉讼，或者在权利人不起诉的情况下自行提起诉讼；普通使用许可合同的被许可人也可以和权利人共同提起诉讼，或者经过权利人书面授权单独提起诉讼。最高人民法院《关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》（法释〔2007〕2号）规定，在许可使用的情况下，对于侵犯商业秘密行为，如下主体可以作为原告起诉： （1）商业秘密独占使用许可合同的被许可人； （2）排他使用许可合同的被许可人和权利人共同提起诉讼； （3）在权利人不起诉的情况下，排他使用许可合同的被许可人自行提起诉讼。 （4）普通使用许可合同的被许可人和权利人共同提起诉讼； （5）权利人书面授权，普通使用许可合同的被许可人单独提起诉讼。
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一，法律属性不同。商业秘密受到《反不正当竞争法》的保护，由企业事业自行决定是否以商业秘密的方式予以保护；国家秘密受到《保守国家秘密法》的保护，由国家相关部门审核确认是否构成国家秘密、保护期限、保护密级以及涉密人员其他义务。 二，保护范围不同。商业秘密由权利人自行主张和确定，只要符合法律构成要件，即可以得到法律保护；国家秘密的范围由法律、法规规定。 三，权利主体不同。商业秘密的权利主体可以是个人、法人或其他组织；国家秘密的权利主体是国家、相关主管部门或经授权的机构、组织。 四，处置权不同。商业秘密权利人可以自行决定是否转让或许可他人，亦可以自行决定有偿还是无偿转让或许可他人；国家秘密未经法律授权的机关审查批准，任何人不得擅自对外提供或转让。 五，被披露后的危害对象不同。商业秘密是仅仅涉及权利人经济利益和竞争优势的信息，其内容也局限于科研、生产、经营有关的技术信息和经营信息，泄漏后损害的是商业秘密权利人的利益；国家秘密关系国家安全和利益，其内容涉及国家的政治、军事、外交、经济和社会发展、科学技术、国家技术和刑事司法等领域，泄露会使国家的安全和利益受到损害。 六，法律责任不同。商业秘密权利人依法可以提起侵权诉讼、违约诉讼或者请求工商部门予以查处。情节严重的依照《刑法》追究责任人的刑事责任；国家秘密一旦泄露，损害的是国家的安全和利益，侵害的是国家的保密制度，对泄密行为人给予行政处分或者追究其刑事责任。
商业秘密的认定和商业秘密罪认定自然是有区别的。商业秘密“是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。”由此可见，商业秘密的范围包括技术信息和经营信息。侵犯商业秘密罪是指违反国家商业秘密保护、法规，采取不正当手段，获取、使用、披露或者允许他人使用权利人的商业秘密，给商业秘密权利人造成重大损失的行为。
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