股权转让的价格与公司的净资产有关系，与注册资本的金额没有必然的联系。如果公司亏损，把股东投入的注册资本都亏掉了，那么股权转让的价格是低于注册资本的。如果公司的净资产与注册资本不一致的，股东可以考虑减资，是注册资本与净资产保持一致，但是减资的程序要按照公司的规定处理，需要发布公告，为债权人提供相应的担保。不过一般情况下如果公司账面清楚，无须进行办理减资，变更注册资本的手续。
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股权转让可以按净资产。股权转让的价格既可以按计算净资产的方式确定，也可以按照市场法、或者市盈率法的方式来确定。具体可由转让的股东和受让人，自行协商确定。
股权转让溢价所得如何纳税法律有明确的规定。一般来说都是各自承担税费的，由于涉及税收监管问题，因此含税交易后出让方无法做帐，也会受到税务部门的核查，而且无法进行税收筹划。
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