参加合作医疗的农民，无论门诊诊或住院，实际发生的医疗费用，只要符合合作医疗相关规定，均可获得一定比例的补偿。n1、门诊补偿。参合农民在定点医疗机构门诊就医，其医药费用，可按县市制定的门诊补偿办法及补偿程序，获得补偿，但在非定点医疗机构就医的不予补偿。2、住院补偿。参合农民因病需住院治疗，必须在合作医疗定点医疗机构住院，其补偿方式及补偿比例，需按县市制定的实施细则(方案)要求进行补偿。n(1)参合农民在定点医疗机构住院治疗所发生的医疗费用，首先扣除起付标准规定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊检查费后，按比例补偿。起付标准，按不同级别的医疗机构确定。越是基层医疗机构，起付标准越低．越是上级医疗机构，起付标准越高。n确定起付标准，是按一级医院(乡镇卫生院)、二级医院(县市级医院及部分州级医院)、三级医院和省级及以上医院四个等级划分的。(2)参合农民在定点医疗机构住院发生医疗费用，减去起付标准的金额。再减去应当自付的部分金额，就是计算补偿的范围。以此为基数。按补偿比例计算出应当补偿参合人的具体数额。具体补偿比例，也是按照一级医院、二级医院、三级医院和省级及以上医院级别确定的。具体比例分别为60％、50％、30％、20％。个别县市在制定方案时，适当提高了基层定点医疗机构的补偿比例，属正常情况
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1、村卫生室、卫生所可补偿60%。 2、镇卫生院可补偿40%。 3、二级医院可补偿30%。 4、三级医院可补偿20%。 5、镇级合作医疗门诊报销限额5000元/年。年新农合住院报销比例： 1、新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、 CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元。 2、手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元依据1000元报销。 3、60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元。 4、各级医院报销比例为：镇卫生院可补偿60%，二级医院可补偿40%，三级医院可补偿30%。
新农合报销比例对参合住院患者一次性政策范围内住院医疗花费超出5万元的参合患者，新农合实行分段赔偿，在新农合报销范围内，新农合报销比例5万元以内(含5万元)部分按相应级别医疗组织限定比例赔偿，5万～8万元(含8万元)部分按80%的比例予以赔偿，8万元以上部分按90%的比例予以赔偿。此外，对转诊至省外医疗组织住院治疗、事实上赔偿比例过低的参合患者,继续坚决保底赔偿政策,住院医疗总花费去除起付线后按不低于30%的新农合报销比例予以保底赔偿。
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