根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令第512号)第三十四条规定：“企业发生的合理的工资、薪金支出，准予扣除。 前款所称工资、薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。”
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员工工资扣税标准：综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
迟到工资扣除一般没有标准。员工迟到扣工资的标准一般与公司的员工管理章程有关的，不同的公司，处罚力度都是不一样的；因此需要结合劳动者所在的公司员工管理章程确定迟到扣工资的标准。
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