根据现行规定，高新技术企业申请的程序如下：（一）企业自我评价及申请，企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，随后进行自我评价。企业符合认定条件的，可以向认定机构提出认定申请。（二）需要提交下列申请材料：1.高新技术企业认定申请书；2.企业营业执照副本、税务登记证（复印件）；3.企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明；4.经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表，并附研究开发活动说明材料。最后认定机构对企业进行认定。经认定的高新技术企业在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日，没有异议的，报送领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”。
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高新技术企业办理流程如下： １、网上申请。在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请； ２、网上申请通过以后，企业要向地方科技局提交相关申请的书面材料； ３、认定机构收到企业申请材料后，组织不少于五名专家进行评审； ４、对申请企业申报材料进行综合审查，确定认定高新技术企业名单； ５、经认定报备的企业名单，经过公示１０个工作日。无异议的，予以备案，认定时间以公示时间为准，核发证书编号； ６、由认定机构向企业颁发统一印制的高新技术企业证书。
国家高新技术企业申请条件： (一)企业申请认定时须注册成立一年以上； (二)在中国境内(不含港、澳、台地区)注册的企业，通过自主研发、受让、受赠、并购等方式； 或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品(服务)的核心技术拥有自主知识产权的所有权，且达到下列其中一项数量要求： A、发明或者植物新品种2件以上； B、实用新型专利6件以上； C、非简单改变产品图案和形状的外观设计专利(主要是指：运用科学和工程技术的方法，经过研究与开发过程得到的外观设计)或者软件著作权或者集成电路布图设计专有权7件以上； (三)对企业主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围； (四)企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%； (五)企业近三个会计年度(实际经营期不满三年的按实际经营时间计算，下同)的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求： 1、最近一年销售收入小于 5,000万元(含)的企业，比例不低于5%； 2、最近一年销售收入在 5,000万元至2亿元(含)的企业，比例不低于4%； 3、最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。 其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%； (六)近一年高新技术产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于60%； (七)企业创新能力评价应达到相应要求； (八)企业申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
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