申请鉴定的费用一般由申请人先行垫付，待案子终结后根据《诉讼费交纳办法》第12条规定诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位。由此可见鉴定费、评估费等费用应当由负有举证义务的一方承担而不是应当由被告承担。也就是说谁对待证明事实负有证明义务，谁就承担有关鉴定费、评估费。《诉讼费交纳办法》第6条鉴定人、在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴属于诉讼费用的一种，这项费用应当由被诉方承担。但是在人身损害等案件中由于当事人可以在伤残鉴定确定后变更诉讼请求，在变更诉讼请求时可以把鉴定费变更到新的诉讼请求中去，而有关伤残鉴定等事项的鉴定费用又属于由于人身损害导致的间接损失，往往这样的鉴定费得到了法院的支持，但是需要注意这样的鉴定费是支持在诉讼请求之中的，而不是在处理诉讼费时进行的分配。在诉讼请求中列明，由法院判决
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诉讼费用交纳办法规定了谁主张谁负担的原则，决定由举证方支付的鉴定费用，仅仅指在诉讼过程中由举证方先垫付，如果最后确定责任在于哪方则由人民法院在案件审结后在裁判书中确定由哪方最后支付。根据诉讼费交纳办法第12条规定，诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位。由此可见，鉴定费、评估费等费用应当由负有举证义务的一方承担而不是应当由被告承担。也就是说，谁对待证明事实负有证明义务，谁就承担有关鉴定费、评估费。所以，交通事故鉴定费由败诉方承担，胜诉方自愿负担的除外。
交通事故鉴定费由公安机关交通管理部门承担，但法律法规另有规定或者当事人自行委托伤残评定、财产损失评估的除外。公安机关交通管理部门应当与鉴定机构确定检验、鉴定完成的期限，确定的期限不得超过三十日。
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