区内企业在加工生产过程中产生的边角料、废品，以及加工生产、储存、运输等过程中产生的包装物料，区内企业提出书面申请并且经海关批准的，可以运往区外，海关按出区时的实际状态征税。属于进口配额、许可证件管理商品的，免领进口配额、许可证件;属于列入《禁止进口废物目录》的废物以及其他危险废物需出区进行处置的，有关企业凭珠海园区行政管理机构以及所在地的市级环保部门批件等材料，向海关办理出区手续。区内企业在加工生产过程中产生的残次品内销出区的，海关按内销时的实际状态征税。属于进口配额、许可证件管理的，企业应当向海关出具进口配额、许可证件。
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环保税是按照从量计征的方法，没有固定税率，是按照环保税法规定，应税大气污染物的税额幅度为每污染当量1.2元至12元； 水污染物的税额幅度为每污染当量1.4元至14元，具体适用税额的确定和调整，可由各地人民代表大会常务委员会在法定税额幅度内决定。 环境保护税的征税对象是大气污染物、水污染物、固体废物和噪声等4类应税污染物。具体应税污染物依据税法所附《环境保护税目税额表》《应税污染物和当量值表》的规定执行。 环境保护税的缴纳：税法规定，纳税人应当向应税污染物排放地的主管税务机关申报缴纳环保税。环保税按月计算，按季申报缴纳。不能按固定期限计算缴纳的，可以按次申报缴纳。 根据税法，纳税人应当自季度终了之日起十五日内，向主管税务机关办理纳税申报并缴纳税款;按次申报缴纳的，应当自纳税义务发生之日起十五日内，向税务机关办理纳税申报并缴纳税款。
按照环境保护税法的规定，应税大气污染物、水污染物按照污染物排放量折合的污染当量数确定计税依据，应税固体废物按照固体废物的排放量确定计税依据，应税噪声按照超过国家规定标准的分贝数确定计税依据。 根据实际情况和需要，实施条例进一步明确了有关计税依据的两个问题： 一是考虑到在符合国家和地方环境保护标准的设施、场所贮存或者处置固体废物不属于直接向环境排放污染物，不缴纳环境保护税; 对依法综合利用固体废物暂予免征环境保护税，为体现对纳税人治污减排的激励，实施条例规定固体废物的排放量为当期应税固体废物的产生量减去当期应税固体废物的贮存量、处置量、综合利用量的余额。 二是为体现对纳税人相关违法行为的惩处，实施条例规定，纳税人有非法倾倒应税固体废物，未依法安装使用污染物自动监测设备或者未将污染物自动监测设备与环境保护主管部门的监控设备联网，损毁或者擅自移动、改变污染物自动监测设备，篡改、伪造污染物监测数据以及进行虚假纳税申报等情形的，以其当期应税污染物的产生量作为污染物的排放量。
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