个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人(以下简称投资者)。个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％-35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。 前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品(产品)销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。 据此，个人独资企业不征企业所得税，投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得，适用5％~35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
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个人独资企业和合伙企业的区别主要在于法律性质不一样。具体而言，个人独资企业是属于公司的，但是合伙企业不属于公司，即个人独资企业是一个投资人投资，财产和利润归该投资者所有，故其对企业承担无限责任，合伙企业的财产是由各合伙人出资所形成的，在共同经营中要求共担风险。
二者主要存在如下区别：第一、个人合伙之间的关系比较松散，甚至可以不需要有书面合伙协议，而合伙组织的合伙人之间必须有书面的合伙协议。第二、个人合伙起字号的要求进行工商登记，不起字号的可以不登记。而合伙企业则必须进行相应的登记。第三、个人合伙不受《合伙企业法》的约束。个人合伙可以看作是合伙的初级阶段。而合伙企业则是个人合伙发展的高级阶段，有比较健全的组织机构。
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