公司交的五险保障范围广，缴费高，相对来说，待遇也高一些。农村合作医疗保险缴费低，报销比例也相对低一些。两种保险不能重复享受，所以不需要一起交，在公司交五险的情况下，可以把农村合作医疗保险停缴。社会保险是一种为丧失劳动能力、暂时失去劳动岗位或因健康原因造成损失的人口提供收入或补偿的一种社会和经济制度。社会保险计划由政府举办，强制某一群体将其收入的一部分作为社会保险税（费）形成社会保险基金，在满足一定条件的情况下，被保险人可从基金获得固定的收入或损失的补偿，它是一种再分配制度，它的目标是保证物质及劳动力的再生产和社会的稳定。社会保险的主要项目包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，农村合作医疗制度是由政府支持、农民群众与农村经济组织共同筹资、在医疗上实行互助互济的一种具有医疗保险性质的农村健康保障制度。即农民每年交一定数额的合作医疗资金，集体与政府也可投入一部分，共同形成专项基金，农民就医时可按一定比例报销医药费。
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社保和农村合作医疗保险的区别如下： 1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民； 2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇； 3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高； 4、有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。
农村合作医疗只有农村居民可以参加，并且是一年缴费一次，且费用较低，保障的费用也低了。社保是要有工作单位和城镇居民可以参加的，社保包括的种类也多，缴纳的费用和职工的工资有关，保障的力度会高。
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