合伙企业的税收如何缴纳合伙企业的生产经营所得和其他所得，由合伙人分别缴纳所得税。一般观点认为，合伙企业的所得税负担轻于公司制企业。理由是：对作为投资人的自然人在税收成本上有一定差别，公司制企业存在企业所得税双重征税问题，而合伙企业只对合伙人征收一重所得税。《合伙企业法》、新《企业所得税法》以及新《企业所得税法实施条例》均明确境内合伙企业不征收企业所得税，而早在2000年9月，财政部、国家税务总局根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》中有关“对个人独资企业和合伙企业停征企业所得税，只对其投资者的经营所得征收个人所得税”的规定，制定了《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》，明确自2001年1月1日起执行。基于上述规定，合伙企业与公司制企业的税收差别主要表现在投资人身份为自然人时。
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合伙企业只需缴纳个人所得税即可。合伙企业的所得包括生产经营所得和分回的利息、股息、红利所得两类。对于生产经营所得，按照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得，适用5%～35%的五级超额累进税率计算征收个人所得税；合伙企业对外投资分回的利息、股息、红利所得按20%税率缴税。
1、生产经营所得。有限合伙企业的自然人合伙人，不管是普通合伙人还是有限合伙人，生产经营所得，比照《个人所得税法》所列“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率计算征收个人所得税。自2011年9月开始，合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，费用扣除标准统一确定为42000元/年。由于应纳税所得额超过10万元的适用税率为35%，因而合伙企业个人投资者适用的所得税率通常是35%。 2、股息、红利所得。合伙企业对外投资分回的利息、股息、红利所得，根据《国家税务总局执行口径的通知》（国税函[2001]84号），该部分收入不并入合伙企业的收入，而作为投资者个人的利息、股息、红利收入，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，按20%税率缴税。
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