在新的形势下，生产型增值税的弊端也越发明显： 1、不利于降低投资税负，影响经济增长。生产型增值税17%的税率相当于消费型增值税23%税率的负担水平，对扩大投资带来不利影响。 2、不利于促进产业结构调整和技术升级。生产型增值税加重了企业机器设备购置成本，抑制了企业技术改造和设备更新的积极性，特别不利于基础产业和资本、技术密集型产业的发展。 3、不利于提高国内产品的竞争力。生产型增值税导致对进口产品征税不足、对出口产品退税不足，既不利于国内产品开拓国际国内市场，也不利于扩大进口替代产品的生产。 4、不利于公平内外资企业之间增值税税负。现行税制对外商投资企业在投资总额内购买国产设备准予退还已缴纳的增值税，对部分进口设备实行免征进口环节增值税，实际上相当于给予了部分外资企业和进口设备消费型增值税的待遇，从而使内资企业和国内生产的设备处于不利的竞争地位。 5、不利于税收管理成本的降低。实行“生产型”增值税，企业必须将可抵扣的购进货物、劳务与不可抵扣的购进货物、劳务分开，使计算变得复杂，也增加了税务机关审查的工作量，既提高了税务机关的征收成本，也提高了纳税人的奉行成本。
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生产型增值税是以销售收入减去所购中间产品价值的余额为课税对象，不允许纳税人在计算增值税时扣除外购固定资产的价值。用公式表示为：增值额=消费额+净投资+折旧增值额=工资+利息+租金+利润+折旧由于增值额相当于国民生产总值，因此称为生产型增值税。由于生产型增值税的税基中包含了外购固定资产的价值，对这部分价值存在着重复征税的问题，所以生产型增值税属于一种不彻底的增值税，但客观上可起到抑制固定资产投资的作用。
生产型企业出口是享受免抵退税政策。免是指出口销售免征增值税，即没有增值税销项税。抵是指用于出口的产品购进材料的进项税允许抵扣。退是指在进项税税不足抵顶内销产品应纳税额的时候，国家准许将不足抵免部分退还给企业。 所以，仅对出口商品环节，是没有增值税缴纳的。
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