第二十一条离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。 当事人就前款规定的房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。 但这一规定是建立在争议房屋有国家合法产权基础上的，而小产权房屋不可能取得商品房的产权，法院不会将其作为商品房进行分割，但可以对房屋本身具有的财产权益进行分割。因为购买时不是按照有商品房产权的房屋价格购买的，所以分割时也不能按照有商品房产权房价格来对待。不过，房屋毕竟有一个增值因素，双方对争议小产权房屋的市场价可以进行议价，议价不成时还可以进行重置价评估，使用房屋的一方应给对方适当补偿。
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小产权房屋只能对使用权进行分割，小产权房，没有完整、合法的审批建设手续，无法取得国家认可的房屋产权证，所以不能在离婚时要求法院分割处理。实践中，法官为了切实帮助当事人解决好财产分割问题，调解时会组织双方协商确定解决方案。
小产权房离婚的分割：为有效帮助当事人解决财产分割问题，法官会组织双方协商确定解决方案，比如，哪一方拥有，参照当地可转让的同类小产权房价格补偿另一方；或者协商让一方居住，并按当地租金标准给予另一方一半补偿。
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