国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》的公告(国家税务总局公告2014年第67号)第四条规定：个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。第七条规定：股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。第八条规定：转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。第十五条规定，个人转让股权的原值依照以下方法确认：（一）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；（二）以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；（三）通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；（四）被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；（五）除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
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我国法律目前没有专门的法条规定股权转让违约金问题，这实则是一种合同交易行为，因此可以参照合同法及相关司法解释参照适用。 在日常交易过程中，不乏有约定高额违约金的案例，但在审判实践中，主要以补偿为主，惩罚性为辅的原则，认定违约责任以及损害赔偿。 依照法律规定，违约金过高的，违约方有权申请人民法院进行调整。 这时人民法院将会结合违约行为的情节过错程度，守约方的实际损失综合加以考虑，并且酌情认定相关数额，通常不会直接依照合同约定的违约金比例进行判决。
关于合同违约金怎么计算的问题，要分三种情况。第一首先要看合同对违约金有没有约定，有约定就按照合同的约定来计算违约金。这个约定有可能是一个具体的金额，也可能是一个违约金的计算方式都可以。第二种情况，就是如果合同对违约金没有约定，或者是约定不明确的这种情况下，就看守约方因为对方的违约给自己这一方造成了多大的损失，这个损失的金额就是违约方应当承担的违约金。第三种就是如果说守约方的损失不好计算，那么也可以按照违约方因为他的违约所得到的利益，这个他得到的利益可以作为违约金的数额来进行计算。
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