公司不正当扣绩效工资(实际上是全公司变向降薪)的，可以向当地劳动局的劳动监察部门进行投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。《劳动合同法》第八十条用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金： (一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的； (二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的； (三)安排加班不支付加班费的； (四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
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公司克扣绩效工资可以投诉举报；申请劳动仲裁；打劳动保障热线12333投诉，这个电话全国统一，投诉时需要实名投诉，要提供本人的身份证号码、姓名。到当地力资源和社会保障局的劳动监察大队投诉。这些机构是专业处理劳资纠纷的。若公司可以说明不是克扣工资，是依法计算只是由于出勤、双方约下的奖金方面的原因而减发工资的，则以上机构是不会处理的。在这种情况下若认为公司确为克扣的，可以提起劳动仲裁。
绩效工资一般是按照工作的要求和制定的标准进行相应的扣除，公司有权扣除但是不能随意扣除。劳动者和用人单位建立劳动关系，用人单位不得非法对劳动者进行罚款，用人单位非法克扣劳动者的工资属于违法行为，企业以罚款条数来扣绩效工资是不合法的。
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