专利权纠纷的处理方式有：1．协商解决。协商解决是指发生侵权案件以后,双方当事人直接进行磋商,以达成解决争议办法的处理方式。2．向人民法院起诉。被侵权人认为他人侵犯其专利权，不愿协商解决或者协商解决不成的，得以侵权人为被告，依照民事诉讼法的规定，提起民事诉讼。3．行政处理。按照本条的规定，专利侵权纠纷的当事人如果不愿直接向人民法院起诉，以“打官司”方式来解决争议的，可以请求管理专利工作的部门处理。4．行政调解。依照本条的规定，进行调解的机关，应是对专利侵权纠纷作出行政处理的同一个管理专利工作的部门；调解的内容，是侵犯专利权的赔偿数额；调解只能应当事人的请求进行；这种调解属于行政机关对当事人之间的民事纠纷作出的民事调解，不是行政处理，应由当事人自愿履行，调解不成或者达成调解协议后又反悔的，有关当事人可以依照民事诉讼法的规定，以对方当事人为被告向人民法院提起民事诉讼。
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专利纠纷的处理方式如下：协商。未经专利权人许可，实施其专利，引起纠纷，可协商解决；诉讼。当事人不愿协商或协商不成，专利权人或利害关系人可向法院提起诉讼；专利管理部门调解。当事人也可请求管理专利工作部门处理。专利管理机关指国务院有关主管部门或地方人民政府设立的专利管理机关。
处理专利纠纷的方式有：协商、诉讼、专利管理部门处罚。未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决。专利纠纷当事人也可以请求管理专利工作的部门处理。专利纠纷当事人不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉。
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