新农合住院报销比例的主要内容是， 1.新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元; 2.手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元按照1000元报销; 3.60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元; 4.各级医院报销比例为：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
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各地的情况会有所有不同，不同的门诊也有所不用，门诊以村卫生室为例，村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。住院补偿和大病补偿相对来说可以报销的会多一点。
农村合作医疗报销比例与就医的医院级别有关，不同级别医院报销比例不同，不同城市报销比例也可能存在差异，具体情况可以咨询当地社保相关部门。 一、乡(镇)卫生院医疗费报销比例 1、300元以下的，报销30%； 2、300元(不含)以上2000元以下的，报销70%； 3、2000元(不含)以上的，报销50%。 二、县级定点医疗机构医疗费报销比例 1、500元以下的，报销25%； 2、500元(不含)以上10000元以下的，报销65%； 3、10000元(不含)以上的，报销50%。 三、二级医院医疗费报销比例 1、500元以下的，报销25%； 2、500元(不含)以上10000元以下的，报销55%； 3、10000元(不含)以上的，报销50%。 四、三级医院医疗费报销比例 1、1000元以下的，报销20%； 2、1000元(不含)以上10000元以下的，报销45%； 3、10000元以上(不含)的，报销40%。
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