违反传染病防治法的规定，引起甲类或者按照甲类管理的传染病传播或者有传播严重危险，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉： (一)供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的; (二)拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的; (三)准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的; (四)拒绝执行疾病预防控制机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。 本条和本规定第五十条规定的“甲类传染病”，是指鼠疫、霍乱;“按甲类管理的传染病”，是指乙类传染病中传染性非典型肺炎、炭疽中的肺炭疽、人感染高致病性禽流感以及国务院卫生行政部门根据需要报经国务院批准公布实施的其他需要按甲类管理的乙类传染病和突发原因不明的传染病。
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妨害传染病防治罪立案标准： (一)供水单元供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的; (二)拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的; (三)准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的; (四)拒绝执行疾病预防控制机构遵照传染病防治法提出的预防、控制措施的。
妨害传染病防治罪的处罚标准： 1、构成妨害传染病防治罪的，一般应处三年以下有期徒刑或者拘役； 2、因其犯罪行为造成了特别严重后果的，依法应处三年以上七年以下有期徒刑。
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