食品安全风险监测工作由省级以上人民政府卫生行政部门会同同级质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理等部门确定的技术机构承担。承担食品安全风险监测工作的技术机构应当根据食品安全风险监测计划和监测方案开展监测工作，保证监测数据真实、准确，并按照食品安全风险监测计划和监测方案的要求，将监测数据和分析结果报送省级以上人民政府卫生行政部门和下达监测任务的部门。食品安全风险监测工作人员采集样品、收集相关数据，可以进入相关食用农产品种植养殖、食品生产、食品流通或者餐饮服务场所。采集样品，应当按照市场价格支付费用。
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县级以上人民政府食品药品监督管理部门负责对餐饮服务环节进行监管。卫生部牵头建立食品安全综合协调机制，负责食品安全综合监督;农业部负责农产品生产环节的监管;国家质检总局负责食品生产加工环节和进出口食品安全的监管;国家工商总局负责食品流通环节的监管;国家药监局负责餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管;同时，卫生部还要承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。食品安全委员会办公室、工业和信息化部、公安部、商务部、国家食品药品监督管理局等也有相关职责，如生猪屠宰归商务部管。
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