合同签定之后，软科学研究管理部门应按照项目承担单位提供的户头、帐号和开户银行等办理拨款，并采取分期拨款的办法，其经费的拨付，原则上规定如下：（一）经费不足一万元的项目，可一次性拨付；（二）经费在13万元的项目，可先拨付70％；（三）经费超过3万元的项目，可先拨付50％；（四）项目承担单位应在项目进度中期，向软科学研究管理部门和项目归口管理单位提交《软科学研究计划项目执行情况报表》和项目阶段研究报告，经审查合格后，再予办理续拨款手续。（五）由有关部门或项目承担单位匹配投资的项目，待匹配投资已落实或下达后，软科学研究计划批准的经费，如数额不大，可一次拨付。
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专利转让合同是出让方将其专利所有权或专利申请权转让给受让方，受让方支付价金的协议，签订专利转让合同需要注意下面这几个问题。第一，专利是一种无形资产，因此在签订专利转让合同的时候呢，需要格外的注意权利的归属和有效性，确定专利权是交易对象合法拥有的有效权利之后，再决定是否签订转让合同。第二，专利合同的条款要尽量全面，根据相关法律的规定，专利转让合同应当注明专利的名称、专利申请人和专利权人、申请日期、申请号、专利号以及有效期限。第三，还应当包括交付时间、地点及方式、专利实施和实施许可的情况以及处置办法、转让费的支付方式、专利权被撤销和被宣告无效的处理、受让期间维持专利有效性的费用承担、税费、违约责任等内容。
专利入股合作支公司签订专利协议书的方式为：首先签订转让合同；然后到专利局办理登记手续，并由专利局公告，合同自登记之日起生效；若专利申请人为两个或者两个以上的人，专利申请权的转让必须经全体权利人同意。
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