根据“民事证据规定”第四条第（八）项的规定，医疗机构在医疗纠纷中应承担的举证责任包括： 1、医疗行为与损害后果之间不存在因果关系在医疗侵权纠纷中，当患者提供证据证明存在损害后果后，医疗机构的医疗行为与损害后果之间是否存在因果关系，往往是医患双方争议的焦点之一，也是医疗机构承担举证责任的关键内容之一。而对这一举证责任的完成，医疗机构往往通过申请医疗事故鉴定来进行。 医疗机构都认为，只要申请了医疗事故鉴定，提交了医疗行为不构成医疗事故的《医疗事故鉴定书》，自己的举证责任就算完成了。而患方则认为，医疗机构仅证明医疗行为不构成医疗事故还没有完成其举证责任。因为“民事证据规定”第四条第（八）项规定的“医疗过错”不仅包括医疗过失，也包括医疗故意，主要是间接故意。 而且根据《医疗事故处理条例》（以下简称“医疗条例”）第二条规定，医疗事故的定义为：违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。这就是说，医疗事故是以过失为过错条件的，不包括故意，而“民事证据规定”要求医疗机构承担的举证责任还包括故意，因而医疗机构还应当就其医疗行为不存在故意（一般为间接故意）损害患者人身的事实承担举证责任。 这就要求医疗机构不仅要提交医疗事故鉴定结论，还要提交不存在医疗过错（包括间接故意）的司法鉴定结论。医疗机构仅仅提交医疗事故鉴定结论并没有完成其举证责任。 医务人员可能不存在直接故意伤害患者的动机和行为，但却可能出于其他目的，有怠于积极救治伤病员放任危害患者的后果发生的行为，并因此给患者造成人身损害的后果。对此，医疗机构还应就其没有因其他原因而放任危害患者人身的事实存在承担举证责任，这就要求其进行医疗过错鉴定。 这是医疗机构的法定义务，不能履行这一义务，医疗机构就应当承担举证不能的责任，承担对其不利的后果，医疗机构别无选择。当然医疗机构可以选择只进行医疗过错的鉴定，而省去医疗事故的鉴定所带来的不必要的麻烦和资源浪费。 但是，如果医疗机构想利用当前法律适用二元化的弊端，达到其尽可能少赔偿的目的，它就必须申请进行两个鉴定，先鉴定不存在医疗过错中的间接故意，在确定存在医疗过失后，再鉴定其过失在医疗事故中的作用大小、责任程度、应承担的责任份额；或者先进行医疗事故鉴定，在确定不构成医疗事故鉴定后再进行医疗过错鉴定。 此外，如患方要求追究医务人员医疗事故犯罪刑事责任的话，也必须在排除间接故意犯罪的基础上，申请医疗事故鉴定，并以此为依据追究相关人员的医疗事故犯罪的刑事责任。
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举证责任倒置，是指法律直接规定的侵权诉讼案件中，由侵权人负责举证，证明与损害结果之间不存在因果关系或受害人有过错或者第三人有过错承担举证责任。 因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。
在医疗行为引起的侵权诉讼中，受害人应当就自己受损害的事实和接受过医疗的事实承担举证责任。医疗机构的举证责任，在医疗行为引起的侵权诉讼中，医疗机构应当承担如下举证责任： 第一，病员的损害结果与医疗机构的医疗行为之间不存在因果关系。 第二，医疗机构不存在医疗过错。
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