由于权属存有争议的房屋属于产权不明确的房屋，应当由征收部门提出补偿安置方案，报政府同意后作出补偿决定。搬迁前，征收部门应当就被搬迁房屋的有关事项向公证机关办理证据保全，并且将征收补偿资金办理提存或者提供符合国家质量标准的安置用房、周转用房后方可实施征收。 法律依据：国务院令第590号，第十五条房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布。
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权属有争议的房屋进行拆迁补偿时：争议在拆迁主管部门公布规定的拆迁期限内已解决的，应按照各方当事人的房屋产权份额进行拆迁补偿；争议在拆迁主管部门公布规定的拆迁期限内未解决的依法由拆迁人提出拆迁补偿和安置方案，报拆迁主管部门批准后实施拆迁。
我国民法典并未对有争议的房屋如何进行拆迁补偿作出规定，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，对于权属有争议的房屋，房屋证收部门可以按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。进行公告后，按照补偿决定向被征收人支付经济补偿。
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