扣除应由个人缴纳的三险一金后，超过3500元的部分，应当缴纳个人所得税。按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应由个人缴纳的社会保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=（扣除三险一金后月收入-扣除标准）×适用税率-速算扣除数。《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税：一、工资、薪金所得；第三条个人所得税的税率：一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。第六条应纳税所得额的计算：一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。国务院《个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
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个人所得税是在扣除员工五险一金扣款之后计算。还要扣除个人所得税专项附加扣除，指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。其他补贴也加入进行一起计算。员工的补贴也是算入员工本月收入的一部分，应该纳入收入一起计算个人所得税。
个人所得税缴纳要扣除五险一金。居民个人的综合所得应纳税所得额是以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和其他扣除后的余额。专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等。
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