根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，按以下情况处理：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证;（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
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一、受理审核 （一）审核是否属于本税务机关管辖的增值税纳税人； （二）审核《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》的相关项目填写是否完整准确，增值税征收率和计算的税额是否正确，印章是否齐全，销售的货物是否为免税货物，如果相关项目填写不全、不符合规定、适用税率错误、税额计算错误或者存在其他疑点问题，应当场一次性告知纳税人补正或重新填报； （三）审核纳税人是否提供加盖银行收讫印章的税收完税凭证。 二、核准；审核无误的，根据“一单一证一票”原则，即《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》、税收完税凭证和增值税专用发票三者一一对应，为纳税人代开增值税专用发票，收取增值税专用发票工本费。 三、资料归档。
增值税专用发票丢失的，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。纳税人同时丢失已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
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