根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，按以下情况处理：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证;（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
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一般纳税人报税程序：1、月底前进项发票认证解密；2、报税前销项发票抄税；3、打印本月开票清单；4、网上报税；5、确认纳税专户内有足够的资金用于交纳税金；6、网上打印的资料连同开票清单、金税卡到税务局大厅窗口进行比对，如有问题，金税卡锁死，转异常岗处理。
企业只有当纳税人当期的计税依据为零(当期未取得计税收入或应纳税所得额为负数)才能进行零申报。企业每月申报，凭税务申报表及财务报表去申报，并交入银行税款，就可以拿到完税证明。或者直接登录网上税务局办理报税打印证明。
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