医疗机构或者其他有关机构违反本条例的规定，有下列情形之一的，由卫生行政部门责令改正，给予警告;对负有责任的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分或者纪律处分;情节严重的，由原发证部门吊销其执业证书或者资格证书：(一)承担尸检任务的机构没有正当理由，拒绝进行尸检的;(二)涂改、伪造、隐匿、销毁病历资料的。
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医疗机构发生医疗事故处罚如下：根据相关法律规定，医疗机构发生医疗事故的，卫生行政部门应根据医疗事故的等级和情节给予警告，情节严重的，责令限期停业整顿，直至原发证部门吊销执业许可证，对负责任的医务人员追究刑事责任，刑事处罚不够的，依法给予行政处分或纪律处分。除按以上处罚外，卫生行政部门还可责令暂停６个月以上１年以下的执业活动，情节严重的，吊销执业证书。
医疗机构不配合医疗事故鉴定的情况，对于那些不配合的医疗单位，需要其承担医疗事故责任，同时如果医疗机构对鉴定不服还不能申请重新鉴定。患者在诊疗活动中受到损害，有下列情形之一的，推定医疗机构有过错： （一）违反法律、行政法规、规章以及其他有关诊疗规范的规定； （二）隐匿或者拒绝提供与纠纷有关的病历资料； （三）遗失、伪造、篡改或者违法销毁病历资料。
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