第一,犯罪主体上的区别。单位犯罪的主体是单位,无论是何种单位,都与自然人犯罪主体的个人不同。第二,犯罪客观方面的区别。单位犯罪的行为是在单位意志支配下的单位整体行为,代表的是单位;而自然人犯罪是个人意志下的产物,是个人行为的体现。第三,犯罪主观方面的区别。单位犯罪的罪过是在单位意志下产生的,展现出来的是单位利益;而自然人犯罪是个人意志支配下出现的罪过,其犯罪的出发点和归宿都是为其个人。
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主要从以下几个方面进行区分： 1、是否为了单位的利益，是否由单位的决策机构决定。单位决策机构产生单位意志，指挥单位行为的实施，任何单位成员在单位业务活动中依据决策机构的决定实施的行为，应视为单位行为。 2、是否是以单位的名义。行为以单位的名义实施是认定单位犯罪的重要因素之一，但是并非所有以单位名义实施的犯罪都是单位犯罪。利用单位名义，为个人谋取利益的不法行为，当然不能认定为单位犯罪。 3、行为是否在单位成员的职务活动范围内，或者与单位的业务活动相关。单位只对其在业务范围内或与业务相关的活动范围内的行为负责。如果行为与单位业务没有任何关系，则不应让单位承担刑事责任。
单位犯罪与自然人共同犯罪当然是有区别的，简要介绍以下几个方面的区别： (1)犯罪动机不同。 单位犯罪中，各犯罪人实施犯罪活动的动机是为了实现单位利益。共同犯罪中，各共同犯罪人实施犯罪活动的动机是为了实现个人目的。这是区分单位犯罪和共同犯罪的另一个重要标准。当某些犯罪分子利用单位的名义实施犯罪时，究竟是按照单位犯罪处理，还是按照共同犯罪处理，就必须考查是为了个人利益还是为了单位利益。 （2）产生犯意的时间不完全相同。单位犯罪中，犯意只能产生于犯罪行为实施以前。这是因为，单位犯罪总是在单位集体研究决定或单位负责人决定之后才去实施，因而必然是在犯意产生之后才去实施。共同犯罪中，犯意产生的时间是较为随意的，既可以是在实施犯罪以前，也可以在实施犯罪过程中。
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