个人所得税的扣除是直接从公司扣取，工资发之前就已经扣除了。 《中华人民共和国个人所得税法》 第九条个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。 纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。 第十一条居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。 居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。 非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。
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公司在发放员工工资时，是个人所得税代扣代缴义务人，但这笔钱实际是在银行转账的时候，由银行代扣代缴进入国库的。如果是个体经营户，应该由付款方代扣代缴，未代扣代缴的由本人到税务机关进行申报缴纳。所以公司这种行为是合法的，如果它不履行代扣代缴的责任，税务机关会对它进行处罚。
公司跟税务部门和银行都有实时缴税三方协议，公司只是代扣了，但公司不会也没法私自克扣下你的个人所得税，你的个人所得税每个月会从公司对公账户上被银行扣掉。
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