两者主要区别是房产证是权利人依法管理、经营、使用和处分房地产的凭证。《房地产证》同时记载有土地文件和房屋文件，是对土地使用权、房屋所有权统一进行登记。而原《房屋所有权证》则没有记载土地使用权状况。 房产证，即《房屋所有权证》，是指购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件，是国家依法保护房屋所有权的合法凭证。 房产证包括房屋所有权证和房屋共有权证，在通常意义上，房产证是房屋所有权证的简称，是由不动产登记机关发放的证明房屋所有权归属的书面凭证。 产权证，一般来说包括《房屋所有权证》和《土地使用权证》，但有些地方也可能是由房屋管理部门和土地管理部门统一开据的《房地产权证书》。房屋产权证具体又包括《房屋所有权证》和《土地使用权证》，有些地方也可能是由房屋管理部门和土地管理部门统一开据的《房地产权证书》。
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不动产证和房屋所有权证的区别有： （一）不动产证即不动产权证书、是由国土资源部监制的不动产登记簿证，房屋所有权证即房产证、是由住房和城乡建设部监制的保护所有权的凭证； （二）不动产证包括证书编号和不动产权编号、有防辐射标签，房屋所有权证包括建房注册房产证包括建房注册和房屋所有权证号、没有防辐射标签。
房屋产权证由原房屋所有权证书和国有土地使用权证书组成，因此房屋产权证包括房屋所有权证书和土地所有权证书，而产权证只是统一制作的房地产产权证，所以只有房屋所有权证明。住房和住房交易只能凭产权证明和住房贷款进行。
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