1、个人工伤赔偿得的钱公司要扣除工伤时所花的医药费，如果工伤赔偿中，包括用人单位支付的医疗费用的话，用人单位扣除是合理的，如果不包括用人单位垫付的医疗费用的，用人单位不得扣除的。 2、《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付： （一）治疗工伤的医疗费用和康复费用； （二）住院伙食补助费； （三）到统筹地区以外就医的交通食宿费； （四）安装配置伤残辅助器具所需费用； （五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费； （六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴； （七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金； （八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金； （九）劳动能力鉴定费。 第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付： （一）治疗工伤期间的工资福利； （二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴； （三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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个税免征额是 3500，使用超额累进税率的计算方法如下：缴税=全月应纳税所得额X税率-速算扣除数,实发工资=应发工资-四金-缴税。全月应纳税所得额=(应发工资-四金)- 3500，扣除标准：个税按3500元/月的起征标准算。
个人所得税专项附加扣除不是扣工资，是指扣除工资内的缴税基数。 应纳税所得额=月度收入-5000元（起征点）-专项扣除（三险一金等）-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。
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