法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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对于小产权房，由于国家不会发放土地使用证和预售许可证等证明，只有乡政府颁发的产权证，不具有真正合法有效的产权证明，因而购买小产权房存在一定的政策和法律风险。如果购买了小产权房，仅签订合同并未取得房产证明的条件下，可以申请解除合同并请求退回已支付的房款。如果已经购买了房屋并取得了乡政府颁发的产权证明，可以用于自己居住或出售给当地居民。对于在建的商品住宅项目，进行相应的风险评估后，按照土地管理规范完成土地征用手续，按照住房项目规定手续进行报批，采取可能的补救措施。
法院会根据具体情况来判定，对于小产权房的分割，夫妻双方可以就归属以及对不获得所有权一方的财产补充进行协商，协商一致的约定在离婚协议中即可。如果双方无法协商一致起诉到法院之后，在离婚纠纷中要求法院来分割的。
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