根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，按以下情况处理：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证;（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
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凡是已经认定为是普通纳税人的企业，必须要通过防伪税控系统开具增值税专用发票。如果不是防伪税控系统开具的增值税专用发票，是不可以申报进项税额抵扣的。普通纳税人在正常的经营中没有规定增值税专用发票的使用期限，但是已经被取消一般纳税人资格的纳税人，必须要及时缴纳并注销，包括空白的专用发票和专用发票的存根。
增值税专用发票丢失的，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。纳税人同时丢失已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
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