医疗事故纠纷的协商调解可以是由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加的，也可以是由卫生行政部门主持的，当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。 （一）由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。 这种协商简单明了，但容易造成矛盾激化，特别在双方法律知识欠缺，协议书漏洞较多的情况下，往往达成协议后双方再起争端。 （二）卫生行政部门主持达成调解协议。 这种办法由当事人一方或者双方向卫生行政机关提出申请，在行政机关的主持下，双方达成协议。从目前情况看，这种办法能及时平息事态，稳定双方的情绪。 （三）当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。 该协议一经送达立即生效，具有强制执行力，并不得上诉。它的好处是法律效力高，规范性强。但医患双方要经历较长的时间。
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已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据《医疗事故处理条例》的规定计算赔偿数额。经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。
医疗事故争议调解的方式如下：调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据相关法律条例的规定计算赔偿数额。经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。
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