法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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小产权房屋只能对使用权进行分割，小产权房，没有完整、合法的审批建设手续，无法取得国家认可的房屋产权证，所以不能在离婚时要求法院分割处理。实践中，法官为了切实帮助当事人解决好财产分割问题，调解时会组织双方协商确定解决方案，比如哪一方所有，参照当地可以转让的同类小产权房的价格给另一方补偿款;或者协商由一方来住，按当地租金标准给另一方一半补偿，如果协商成功，双方私下达成协议，但因为不是合法的产权房，所以不能写进法院的裁决文书里;如果各种方案都协商不成，那法院就不予处理。
最高院规定法院对于民事诉讼实行登记制度，即使是小产权房也需要登记立案。虽然有的小产权房出售人认可购房人转让房屋并办理所谓的转让“登记”，但是这种“登记”是没有法律效力的，一旦发生纠纷不能产生保护购房人的效力。当卖房人反悔并起诉到法院的，出售人只需返还房产，而购房人则需要返还房产，这就吃了大亏。所以，从购房者的角度来说，购买小产权房虽然价格便宜，但是产权状况存在很多问题，要承担巨大的风险。
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