申请鉴定的费用一般由申请人先行垫付，待案子终结后根据《诉讼费交纳办法》第12条规定诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位。由此可见鉴定费、评估费等费用应当由负有举证义务的一方承担而不是应当由被告承担。也就是说谁对待证明事实负有证明义务，谁就承担有关鉴定费、评估费。《诉讼费交纳办法》第6条鉴定人、在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴属于诉讼费用的一种，这项费用应当由被诉方承担。但是在人身损害等案件中由于当事人可以在伤残鉴定确定后变更诉讼请求，在变更诉讼请求时可以把鉴定费变更到新的诉讼请求中去，而有关伤残鉴定等事项的鉴定费用又属于由于人身损害导致的间接损失，往往这样的鉴定费得到了法院的支持，但是需要注意这样的鉴定费是支持在诉讼请求之中的，而不是在处理诉讼费时进行的分配。在诉讼请求中列明，由法院判决
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鉴定费实行“谁主张、谁负担”的原则，由当事人直接支付给鉴定机构。司法鉴定费用由败诉方承担，鉴定费由负担举证义务的一方垫付。 由法院根据案情，法院判决如果全部败诉当然是全部由败诉方承担。如果有一部分诉求得到支持，各承担一部分。现行国务院《诉讼费用交纳办法》第三章诉讼费用交纳标准。 按照法律规定，鉴定费用应该由委托单位垫付（刑事案件委托单位一般都是办案机关，侦查阶段是公安机关、检察院，诉讼阶段也可是法院），具体费用与委托鉴定项目有关，可咨询鉴定机构。
如果单位为劳动者缴纳了工伤保险费，则工伤鉴定费用由工伤保险基金承担；如果没有为劳动者缴纳工伤保险费，则由用人单位承担；如果劳动者不被认定为工伤的，则由提出申请的单位或者劳动者来承担。
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