用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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企业所得税税前扣除是针对实际支付的，合理地工资薪金支出才可以税前扣除。金税三期以后实际发放的工资薪金应与个人所得税纳税申报表以及劳保事业处的缴纳保险数据一致。
员工工资扣税标准：综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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