根据中华人民共和国专利法(2000年8月25日第二次修正)第三十七条国务院专利行政部门对发明专利申请进行实质审查后，认为不符合本法规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对其申请进行修改;无正当理由逾期不答复的，该申请即被视为撤回。第三十八条发明专利申请经申请人陈述意见或者进行修改后，国务院专利行政部门仍然认为不符合本法规定的，应当予以驳回。第三十九条发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。中华人民共和国专利法实施细则(2002年12月28日国务院修订发布)第四十二条一件专利申请包括两项以上发明、实用新型或者外观设计的，申请人可以在本细则第五十四条第一款规定的期限届满前，向国务院专利行政部门提出分案申请;但是，专利申请已经被驳回、撤回或者视为撤回的，不能提出分案申请。国务院专利行政部门认为一件专利申请不符合专利法第三十一条和本细则第三十五条或者第三十六条的规定的，应当通知申请人在指定期限内对其申请进行修改;申请人期满未答复的，该申请视为撤回。分案的申请不得改变原申请的类别。第五十三条依照专利法第三十八条的规定，发明专利申请经实质审查应当予以驳回的情形是指：(一)申请不符合本细则第二条第一款规定的;(二)申请属于专利法第五条、第二十五条的规定，或者不符合专利法第二十二条、本细则第十三条第一款、第二十条第一款、第二十一条第二款的规定，或者依照专利法第九条规定不能取得专利权的;(三)申请不符合专利法第二十六条第三款、第四款或者第三十一条第一款的规定的;(四)申请的修改不符合专利法第三十三条规定，或者分案的申请不符合本细则第四十三条第一款规定的。
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申请专利被驳回时，专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，作出决定，并通知专利申请人。
专利驳回行政复议的程序是：申请人在知道行政行为作出之日起60日内提出行政复议申请；行政复议机关当场记录申请人的基本情况与行政复议请求；在5日内进行审查后对不符合行政复议法规定的行政复议申请决定不予受理并书面告知申请人。
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