根据《财政部、国土资源部、中国人民银行关于加强土地成交价款管理规范资金缴库行为的通知》（财综〔2009〕89号）第二条规定：耕地占用税由农用地转用审批文件所标明的建设用地人缴纳，企业是农用地转用审批文件所标明的建设用地人时，由企业缴纳；市县人民政府作为用地申请人的，由市县人民政府缴纳，已缴税款在土地出让时计入土地出让底价，不在土地成交价款外再单独收取。
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耕地占用税以纳税人实际占用的属于耕地占用税征税范围的土地（以下简称“应税土地”）面积为计税依据，按应税土地当地适用税额计税，实行一次性征收。 耕地占用税计算公式为：应纳税额=应税土地面积×适用税额。 应税土地面积包括经批准占用面积和未经批准占用面积，以平方米为单位。当地适用税额是指省、自治区、直辖市人民代表大会常务委员会决定的应税土地所在地县级行政区的现行适用税额。
农村居民建房的耕地占用税由所属乡镇财政所负责征收。耕地占用税以纳税人实际占用的耕地面积为计税依据，按照规定的适用税额一次性征收，应纳税额为纳税人实际占用的耕地面积（平方米）乘以适用税额。
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