员工应该先申请赔偿，同时在赔偿拿到手后办理辞职手续。根据《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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1.如果劳动合同还没到期的话，需提前三十天向部门领导提出书面辞职申请和《解除劳动合同申请》，待部门领导签署意见后报人力资源部。2.工资中涉及保险，人力资源部同财务部办理保险清算，进行保险减员手续。3.人力资源部统计其本月考勤，报上级领导批示，到工资结算日发放员工的工资。4.人力资源部办理劳动合同终止手续并给员工开出《解除劳动合同证明》，《解除劳动合同证明》是员工到下一个新单位需要的，只要是正规大单位，一般都会要求出具的，有备无患。如果是试用期员工，一般只需提前三天提出申请
一、提交个人辞职申请、《事业单位工作人员辞职申请表》，均需院系部处领导签字盖章； 二、报人事处提交请示报医院主管领导审批、发文公布； 三、领取同意辞职文件、离院通知单，办理离院手续； 四、至综合科办理社保视同缴纳证明； 五、提交调档函(注明接收单位地址、邮编，接收人姓名及联系方式)，人事处将个人档案寄出。
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